La puțin timp de la apariția sa, în comunitatea creștină au început să circule o serie de scrieri cărora le-a fost atribuită autoritate apostolică. Lucrul acesta a fost problematic, printre altele, și pentru că se presupune că odată cu autoritatea, ele transmit învățăturile apostolilor și implicit normele în materie de credință și practică. În realitate, nu toate scrierile erau autentice, iar biserica s-a văzut nevoită să reacționeze stabilind care sunt cărțile ce pot fi considerate veridice. Per ansamblu, procesul a durat circa patru secole. Peste un deceniu (după unii cercetători chiar două) comunitatea creștină a funcționat fără scrierile pe care le avem astăzi în Noul Testament (NT).
Începând cu secolul al doilea, dat fiind că circulația scrierilor a devenit o realitate incontestabilă, comunitățile au început să își pună din ce în ce mai serios problema selectării textelor inspirate. Amintesc în treacăt că deja în secolul doi circulau mai multe texte numite Evanghelia lui Toma, a lui Filip, Evanghelia adevărului, Evanghelia copilăriei lui Isus, Faptele lui Petru, dar și altele preponderent de factură gnostică.
Culmea este că o primă propunere cu o listă a cărților autentice provine de la un semi-gnostic pe numele său Marcion. Printre reproșurile aduse lui Marcion era și acela că desconsidera scrierile Vechiului Testament (VT), iar Dumnezeul prezentat acolo era diferit de cel din NT. Chiar și din lista cărților propusă de el au fost scoase referințele din VT. Ulterior, Irineu de Lyon ia și el în considerare doar patru evanghelii autentice: Matei, Marcu, Luca și Ioan, adică formula pe care o avem astăzi în NT. La stabilirea canonicității au stat patru factori, cu nuanțele de rigoare: a. conexiune directă validată cu apostolii, b. folosirea în cadrul bisericilor creștine, c. unitate doctrinară d. au fost citate în scrierile reprezentative ale bisericii în primele două secole.
O altă listă cu cărțile NT este numită canonul muratorian după cel care a descoperit-o: Ludovic Antonio Muratori. Lista este din anul 180. Ea cuprinde cele patru evanghelii, Faptele Apostolilor, 13 epistole ale lui Pavel, Iuda, I și II Ioan și Apocalipsa. Dacă socotim, observăm că lipsesc din listă Epistola către Evrei, Iacov, I și II Petru, III Ioan. Acestea sunt însă, citate în alte documente care sunt datate în aceeași perioadă, fapt care certifică folosirea lor de către Biserica Primară.
Ca fapt divers, cărțile care au intrat mai greu în canon sunt Epistola către Evrei, Iacov, Iuda (reproșul este că citează din cartea lui Enoh) și Apocalipsa. Eusebiu de Cezareea detaliază și alte aspecte cu privire la aceste două cărți și la altele care nu și-au găsit un loc în canon în Istoria Bisericească.
Ceea ce este interesant este faptul că o perioadă, unele cărți care actualmente sunt necanonice au circulat și au fost acceptate local. Printre ele amintim Epistola lui Clement, Păstorul din Herma, Didahiile și Apocalipsa lui Petru. Ulterior stabilirii canonului, bisericile au încetat să le atribuie autoritate. Cel care bate în cuie lista (nu este Luther) stabilind care sunt cărțile canonice este Atanasie cel Mare care propune o listă cu 27 de cărți și care este acceptată ca atare. Acest lucru se întâmpla în anul 367. Sinodul de la Roma 382 și cel din Cartagina 397 consfințesc lista.
Cu toate acestea, bisericile nestoriene din Orient care s-au separat după cel de-al treilea Conciliu Ecumenic de la Efes (431) nu acceptă nici astăzi 2 Petru, 2 și 3 Ioan, Iuda și Apocalipsa.
